Ο μητροπολίτης Απόστολος Χριστοδούλου ποίμανε τη μητρόπολη Βεροίας και Ναούσης σε μια περίοδο ιδιαίτερα δύσκολη για τον Ελληνισμό. Ανέλαβε τη διοίκηση το έτος 1906, ενώ βρισκόταν σε εξέλιξη η ένοπλη φάση του Μακεδονικού Αγώνα, και παρέμεινε στη Βέροια μέχρι το έτος 1909. Κατά τη διάρκεια της ποιμαντορίας του αντιμετώπισε τις ξένες προπαγάνδες, ενώ παράλληλα εργάστηκε για την προαγωγή των σκοπών της Κοινότητας. Το έτος 1908 εγκαινίασε τη νεόδμητη Αστική Σχολή της Βέροιας.